Ağalar Camisi, Enderun avlusunun Haliç tarafında, Has Oda’dan evvel yer almaktadır. Padişahlar, Akağalar ve İçoğlanların ibadeti için kullanılan bu caminin, Fatih Sultan Mehmet döneminde (1451–1481) yapıldığı sanılmaktadır. Cami Mekke’ye yönelik olması için hafif diagonal biçimde yerleştirilmiştir.
Cami kesme taştan kare planlı ve tek kubbeli olup, yanında tek şerefeli taş gövdeli yuvarlak bir minaresi bulunmaktadır. Günümüzde Saray Kütüphanesi olarak kullanılmaktadır. Kütüphanede sultanların hazinelerinde sakladıkları el yazmaları ile sarayın çeşitli köşk ve koğuşlarından toplanan son derece kıymetli el yazma ve minyatürlü kitaplar bulunmaktadır.
Istabl-ı Amire’nin güney ucunda Beşir Ağa Camisi vardı. XVI. yüzyılda yapılan bu caminin yanına bir de hamam yaptırılmıştır. Buradaki caminin yerine I. Mahmut döneminde(1730–1754) Harem ağası olan Beşir Ağa tarafından XVIII. yüzyılda bugünkü cami yeniden yaptırılmıştır. Bu nedenle de cami Beşir Ağa Camii olarak bilinmektedir.
Cami kesme taştan kare planlı olup, fevkani bir yapıdır. Üzeri merkezi bir kubbe ile örtülüdür.
Sarayın mutfaklar bölümünde, Yağhane binasının yanında Aşçılar Mescidi bulunmaktadır. Mescit, fevkâni ahşap bir yapı olup, üzeri kırma çatı ile örtülüdür.
Sofa Ocağı denilen koğuşun ve Mecidiye Köşkü’nün yanında bulunan Sofa Camisi’ni Sultan II. Mahmut yaptırmıştır. Kaynaklardan burada daha önce yapılmış bir mescidin olduğu öğrenilmektedir.
Cami kesme taştan kare planlı olup, üzeri merkezi bir kubbe ile örtülüdür. Küçük ölçüde bir camidir. Yanındaki minaresi kesme taş kaide üzerine yuvarlak gövdeli ve tek şerefelidir.
Harem’in içerisinde bulunan Haremağaları Mescidi fevkani, kesme taş ve tuğladan yapılmıştır. Cami yuvarlak kemerli kesme taş bir koridorun üzerinde Harem’e bitişiktir. Kare planlı olup, üzeri pandantifli kasnaklı bir kubbe ile örtülmüştür.
Cephe görünümü bir sıra kesme taş, bir sıra tuğla dizisi ile hareketlendirilmiştir. İbadet mekânı iki yan kenarında altlı üstlü ikişer, mihrap yanında da altlı üstlü birer pencere ile aydınlatılmıştır. Bunlardan alt sıradakiler dikdörtgen mermer söveli olup, üzerleri tuğladan yuvarlak sahte kemerlidir. İkinci sıra pencereler sivri kemerli ve vitraylıdır.
Minare yer konumundan ötürü caminin kubbe ile birleştiği yerde, kesme taştan ve şerefesiz olarak sembolik yapılmıştır.
Topkapı Sarayı Türkiye Cumhuriyeti’nin kuruluşundan sonra 3 Nisan 1924’te müze haline getirilmiştir. Müzede geçici ve sürekli sergi mekânları, kubbe altı, Arz odası, Enderun Kütüphanesi, Sofa Köşkü, Bağdat Köşkü, Revan Köşkü, Sünnet Odası, Harem, Zülüflü Baltacılar Koğuşu gibi teşhir alanları bulunmaktadır. Bunun yanı sıra silahlar, İstanbul cam ve porselenleri, işlemeler, hazine, kaftanlar ve padişah portreleri gibi bölümler bulunmaktadır